ผลิตภัณฑ์กลุ่มเนื้อสัตว์ จัดเป็นผลิตภัณฑ์ที่มีความเสี่ยงสูง เนื่องจากเป็นอาหารที่มีโปรตีนสูง และมีค่า water activity เหมาะสมกับการเจริญของแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคหลายชนิด ดังนั้นการป้องกันและควบคุมการปนเปื้อนจึงเป็นสิ่งจำเป็น ซึ่งควรมีการควบคุมตั้งแต่ฟาร์มเพื่อให้ถูกต้องตามสุขลักษณะรวมถึงการขนส่งเข้าสู่โรงเชือด จนกระทั่งแปรรูป
เนื่องจากจุลินทรีย์มีอยู่ตามธรรมชาติทั้งในดิน น้ำ รวมทั้งจากตัวสัตว์เองอันตรายที่ปนเปื้อนข้ามมาสู่มนุษย์ได้ รวมทั้งยาที่ใช้รักษาสัตว์หรือยาปฏิชีวนะต่าง ๆ ที่ตกค้างอยู่ในตัวสัตว์ ดังนั้นการปนเปื้อนจึงเกิดขึ้นทุกขั้นตอนตั้งแต่การรับสัตว์ก่อนการฆ่า ในระหว่างการฆ่ารวมทั้งในระหว่างการชำแหละและการตัดแต่ง
เมื่อสัตว์ถูกขนส่งออกจากฟาร์มสัตว์ปีกมักจะถูกขนส่งและบรรจุในกรงซึ่งกรงที่ไม่ได้รับการทำความสะอาดจะเป็นแหล่งปนเปื้อนที่สำคัญโดยสัตว์ปีกจะมีการกระพือปีกและมีมูลสัตว์ที่ตกค้างดังนั้นกรงและรถบรรทุกจึงเป็นแหล่งสะสมของจุลินทรีย์ที่ก่อให้เกิดโรคหลายชนิดโดยเฉพาะอย่างยิ่ง Salmonella campylobacter (Berang และคณะ, 2000; Ramesh และคณะ, 2003) กรงที่ใช้ในการขนส่งสัตว์ปีกเป็นจุดที่ทำให้เกิดการปนเปื้อนต่อสัตว์ปีกที่สำคัญ เนื่องจากไม่ได้มีการทำความสะอาดและใช้ซ้ำ จึงเป็นแหล่งสะสมของจุลินทรีย์ต่าง ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรค (Slader และคณะ,2002) ดังนั้นจึงควรมีการทำความสะอาดอย่างสม่ำเสมอ โดยอาจใช้น้ำผสมสารทำความสะอาด (cleaning agent ) ชำระล้างสิ่งสกปรก เช่น ขนไก่ หรือ ฝุ่นผงออกก่อนแล้วจึงแช่ใน สารละลายโซเดียมไฮโปคลอไรด์เข้มข้น 1000 พีพีเอ็ม ที่อุณหภูมิ 70 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 2 นาทีเพื่อทำลายจุลินทรีย์ที่ปนเปื้อน (Ramesh และคณะ,2003)
สำหรับสัตว์ใหญ่ เช่น วัวและสุกรก็มีการขนส่งในลักษณะเดียวกัน โดยจุลินทรีย์อาจมาจากขน หนัง กีบเท้า (Reid และคณะ, 2002) และมูลสัตว์จุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรคส่วนใหญ่คือ Escherichia coli O 157 :H7, Salmonella, Campylobacter, Yersinia และ Listeria monocytogene(Beach และคณะ, 2002; Chang และคณะ, 2003; Lo Fo Wong และคณะ, 2002; Castillo และคณะ,2003) บริเวณตรวจรับสัตว์หรือตรวจรับวัตถุดิบ คือ เนื้อสัตว์สด ในกรณีที่ไม่ได้ทำการฆ่าสัตว์นั้นในโรงงานเองเป็นบริเวณที่มีความเสี่ยงต่อการปนเปื้อนสูง จากงานวิจัยของ Ellebroek (1997) พบว่าจุลินทรีย์ที่ปนเปื้อนมากับอากาศ Enterobacteriaceae จะตรวจพบมากบริเวณรับสัตว์ปีกก่อนนำเข้าสู่โรงฆ่าและในส่วนของบริเวณชำแหละรวมทั้งการปนเปื้อนจากซากหนึ่งไปยังอีกซากหนึ่ง จากการใช้เครื่องมือร่วมกันหรือมือของพนักงานที่ไม่สะอาด (Legg และคณะ,1999; Lo Fo Wongและคณะ,2002) เช่น การลวกซากสัตว์ปีกก่อนการถอนขนอาจช่วยลดจำนวนจุลินทรีย์ที่ผิวได้แต่มีการพบว่า หลังเสร็จสิ้นการถอนขนโดยใช้เครื่อง จำนวนของ Campylobacter, coliforms และ E. coli เพิ่มขึ้น(Berrang และคณะ,2000) ซึ่งแสดงให้เห็นว่าอาจเกิดการปนเปื้อนข้ามมาจากเครื่องมือที่ใช้
จุลินทรีย์ที่อาจปนเปื้อนและเป็นอันตรายต่อสุขภาพของผู้บริโภคที่แนะนำให้มีการตรวจในโรงฆ่าสัตว์หรือบริเวณชำแหละและตัดแต่งคือ Escherichia coli และ Salmonella (Castelo และคณะ, 2001) ซึ่งการตรวจพบจุลินทรีย์เหล่านี้เกิดขึ้นเนื่องจากการฆ่าสัตว์ที่ต้องมีการชำแหละเอาส่วนเครื่องในและลำไส้ออกจากสัตว์ กระบวนการเช่นนี้ทำให้จุลินทรีย์ที่อยู่ภายในออกมาปนเปื้อนกับเนื้อสัตว์และสิ่งแวดล้อม (Gill และ Jones, 1997) การชำแหละเอาเครื่องในออกจัดเป็นขั้นตอนวิกฤตสำหรับการผลิตเนื้อทุกชนิด เนื่องจากเมื่อผ่าตัวสัตว์จะเป็นการเปิดช่องท้องและลำไส้ซึ่งมีจุลินทรีย์อาศัยอยู่ทำให้จุลินทรีย์ปะปนมากับเนื้อสัตว์ (Smoulders, 1995) โดยทั่วไปสำหรับวัวและกระบือ เมื่อต้องการชำแหละชิ้นส่วนจะต้องทำการถลกหนังออกก่อนจากนั้นจึงทำการชำแหละ ส่วนสุกรมักทำการตัดแต่งพร้อมหนัง สำหรับจุลินทรีย์ที่มักพบปนเปื้อนมากับเนื้อวัวดิบคือ Salmonella spp., Listeria monocytogenes, Escherichia coli และ Campylobacter jejuni (Eisel และคณะ,1997) ดังนั้นในระหว่างกระบวนการผลิตจะต้องมีการตรวจสอบจำนวนจุลินทรีย์ที่ปนเปื้อนซึ่งโดยทั่วไปจะตรวจนับ total aerobic plate counts และ total coliforms (Huffman,2002) การลวกซากสุกรที่อุณหภูมิ 62 องศาเซลเซียส ก่อนการกำจัดขนช่วยลดจำนวน Salmonella ได้และต้องควบคุมอุณหภูมิไม่ให้ลดลงต่ำกว่านี้
วิธีการลนไฟเพื่อถอนขน (singering) ที่อุณหภูมิ 1300-1500 องศาเซลเซียส ก็เป็นอีกวิธีการหนึ่งที่ช่วยลดจำนวนจุลินทรีย์ได้อย่างมาก( Lo Fo Wong และคณะ,2002)
วิธีการทำความสะอาดและลดการปนเปื้อนสำหรับเนื้อสัตว์หลังการฆ่ามีหลายวิธี เช่น การล้างด้วยน้ำเย็น น้ำร้อน การใช้ไอน้ำ การใช้โอโซน หรือผสมน้ำล้างด้วยสารที่มีฤทธิ์ในการฆ่าเชื้อ เช่น กรดอินทรีย์ คลอรีน เป็นต้นหรือ อาจใช้หลายวิธีร่วมกันเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ การใช้คลอรีนผสมในน้ำทำเย็นสำหนับสัตว์ปีกและเนื้อสัตว์เพื่อทำลายจุลินทรีย์เป็นวิธีที่นิยมใช้ในหลายประเทศ ยกเว้นประเทศในกลุ่มสหภาพยุโรป(EU) (Bolder,1997) ซึ่งปริมาณคลอรีนที่อนุญาตให้ใช้ห้ามเกิน 50 พีพีเอ็ม ซึ่งสามารถลดจำนวนจุลินทรีย์ได้เพียง 1log cycle
ค่าอุณหภูมิที่เหมาะสมในการทำเย็นเนื้อสัตว์ (red meat carcass) อ้างอิงมาจากอุณหภูมิต่ำสุดที่จุลินทรีย์จำพวกมีโซไฟล์ที่ทำให้เกิดโรคในมนุษย์ เช่น Escherichia coli และ Salmonella สามารถเจริญได้คือ 7 องศาเซลเซียส ดังนั้นอุณหภูมิ ณ จุดเย็นช้าที่สุดของเนื้อสัตว์จะต้องวัดได้ 10 องศาเซลเซียสหรือต่ำกว่านั้นเพื่อชะลอการเจริญของจุลินทรีย์ดังกล่าว(Gill,2000) โดยอาจใช้วิธีทำเย็นในห้องเย็นโดยทิ้งไว้ข้ามคืนสำหนับการทำเย็นซากสุกรและแกะทั้งตัว สำหรับสัตว์ปีกซึ่งมีขนาดเล็กกว่าจะต้องทำให้อุณหภูมิของสัตว์ปีกต่ำกว่า 2 องศาเซลเซียสก่อนนำไปผ่านกระบวนการตัดแต่ง ชำแหละ บรรจุหรือเก็บรักษา (Gill,2000) และอาจมีการเติมสารยับยั้งจุลินทรีย์เพื่อช่วยเพิ่มประสิทธิภาพ เช่น สำหรับสัตว์ปีก การล้างด้วยกรดแลคติกเข้มข้น 1-2% ทันทีหลังการฆ่าจะสามารถลดจำนวนแบคทีเรียที่ซากสัตว์ปีกโดยไม่ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงรสชาติและสี (Bolder,1997) การเติมคลอรีนเข้มข้น 20 พีพีเอ็มสามารถลดจำนวน Salmonella ที่บริเวณหนังไก่ได้ โดยมากนิยมใช้ลมเย็นเป่าที่ความเร็วลมไม่สูงมากนักที่ประมาณ 1.5-3 ฟุตต่อวินาที (0.457-0.914 เมตรต่อวินาที) ที่อุณหภูมิ 1 ถึง 4 องศาเซลเซียส ซึ่งสภาวะการทำเย็นระดับนี้สามารถลดจำนวน Campylobacter jejuni ได้ (Chang และคณะ,2003) หรืออาจใช้วิธี blast chilling ที่อุณหภูมิ -20 ถึง -40 องศาเซลเซียสที่ความเร็วลม 10-16 ฟุตต่อวินาที (3.05-4.88 เมตรต่อวินาที)
การใช้น้ำในการทำความสะอาดสามารถทำได้หลายวิธี โดยอาจใช้วิธีการแช่ การปล่อยให้น้ำไหลผ่าน การสเปรย์น้ำ เป็นต้น (Sofos และ Smith,1998) ซึ่งวิธีการเหล่านี้มีวัตถุประสงค์เพื่อกำจัดเศษสิ่งสกปรกต่าง ๆ ที่มองเห็นรวมทั้งเศษขน เศษกระดูก และมูลสัตว์ที่อาจตกค้างอยู่ที่ซาก ปัจจัยที่มีผลต่อประสิทธิภาพของกระบวนการข้างต้นในการลดการปนเปื้อนของซากสัตว์คือ ความแรงของน้ำ อุณหภูมิน้ำ สารที่ใช้ในการยับยั้งจุลินทรีย์เวลาย้ำสัมผัสซาก สิ่งที่ควรระวังหากใช้วิธีการแช่ซากสัตว์คือ อาจทำให้เกิดการปนเปื้อนระหว่างซากสัตว์ และน้ำกับซากสัตว์ได้ ในขณะที่วิธีการสเปรย์น้ำหรือการปล่อยให้น้ำไหลผ่านซากสัตว์อาจทำให้เกิดการแพร่กระจายของจุลินทรีย์เนื่องจากความแรงของน้ำ ดังนั้นการเลือกชนิดของหัวสเปรย์ มุมของการสเปรย์ ความดัน และขนาดของซากสัตว์ จึงเป็นปัจจัยร่วมในการลดการแพร่กระจายของจุลินทรีย์ การเติมโอโซนลงในน้ำทำเย็นจะช่วยลดการปนเปื้อนข้ามจากน้ำสู่เนื้อสัตว์ได้(Morris, 1998) สำหรับเนื้อวัว อาจทำการล้างซากโดยใช้น้ำสะอาดผ่านมาตรฐานสาธารณสุข อุณหภูมิ 10- 15 องศาเซลเซียส (Bolton และคณะ, 2001) โดยมีจุดประสงค์หลักคือ เพื่อกำจัดเศษกระดูกและเศษเลือด โดยในขั้นตอนนี้จะสามารถลดจุลินทรีย์ที่ผิวได้บางส่วน การลดลงของจุลินทรีย์จะมาก หรือน้อยขึ้นอยู่กับ แรงดันน้ำที่ใช้อุณหภูมิ และชนิดของสารฆ่าเชื้อที่เติมลงไปเพื่อทำลายจุลินทรีย์ในน้ำ(Castillo และคณะ,2002) อย่างไรก็ตามน้ำล้างอาจเป็นสาเหตุทำให้เกิดการปนเปื้อนมากยิ่งขึ้นก็ได้ Castelo และคณะ(2001) แนะนำให้ฉีดล้างเนื้อสุกรที่ตัดแต่งแล้วด้วยน้ำที่อุณหภูมิ 15 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาที แล้วฉีดล้างด้วยกรดแลคติกเข้มข้น 2% โดยปริมาตรที่อุณหภูมิเดียวกันเป็นเวลา 75 วินาที เพื่อลดจำนวนจุลินทรีย์ที่ผิว
การใช้น้ำร้อนหรือไอน้ำ วิธีนี้จะสามารถทำลายจุลินทรีย์ได้เกือบทั้งหมดยกเว้นสปอร์แบคทีเรียและจุลินทรีย์ที่ทนร้อนบางชนิด(Gill, 2000) การใช้น้ำร้อนโดยการลำเลียงซากสัตว์ผ่านหัวฉีดน้ำที่อุณหภูมิ 75-85 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 9-12 วินาที หรือใช้ม่านน้ำที่อุณหภูมิ 85 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 10 วินาที (Bolton และคณะ, 2001) เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการทำความสะอาดการใช้น้ำร้อนจะสามารุควบคุมการทำงานได้ง่ายกว่าใช้ไอน้ำ Gill(1999) รายงานว่าการใช่น้ำร้อนอุณหภูมิ 85 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 วินาที สามารถลดจำนวนจุลินทรีย์ได้อย่างมีนัยสำคัญ โดยที่ไม่ทำให้เกิดความเสียหายแก่เนื้อเยื่อและลักษณะปรากฏของเนื้อสัตว์ การใช้น้ำที่อุณหภูมิสูงกว่า 74 องศาเซลเซียส ในการล้างซากวัวครั้งสุดท้าย เป็นวิธีที่นิยมใช้ในอุตสาหกรรม(Huffman, 2002) การแช่ซากไก่สดในน้ำร้อน 95 องศาเซลเซียส หรือในไอน้ำร้อน 96-98 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 3 นาทีจะช่วยลดจำนวนจุลินทรีย์ที่หนังไก่ได้อย่างมีประสิทธิภาพ (Avens และคณะ, 2002) การฆ่าเชื้อโดยใช้ไอน้ำ ทำโดยการกำจัดน้ำที่ผิวก่อนที่จะให้ไอน้ำเพื่อทำลายจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรค โดยเป่าลม หลังจากนั้นให้ไอน้ำที่อุณหภูมิ 82-94 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 6-8 วินาที หลังจากนั้นทำให้เย็นอย่างรวดเร็วโดยใช้น้ำที่อุณหภูมิ 4.4 องศาเซลเซียส เพื่อให้อุณหภูมิที่ผิวซากลดลงเหลือประมาณ 17.5-22.4 องศาเซลเซียส ภายในเวลา 10 วินาที (Bolton และคณะ, 2001)
จากที่กล่าวมาข้างต้นแสดงให้เห็นว่า การป้องกันหรือลดการปนเปื้อนของตัวสัตว์ก่อนการฆ่าและการจัดการขั้นต้น เช่น การทำเย็น การชำแหละ และการแต่ง เป็นสิ่งจำเป็นต่อคุณภาพและความปลอดภัยของเนื้อสัตว์และผลิตภัณฑ์ ดังนั้นการควบคุมตั้งแต่การจัดการฟาร์ม การขนส่งจนกระทั้งถึงโรงงานจะต้องมีระบบรับวัตถุดิบที่ดี เพื่อให้สามารถแน่ใจได้ว่าผลิตภัณฑ์มีความปลอดภัยตามมาตรฐานสากลอย่างแท้จริง
